In 1944, toen de Duitse bezetter de toren van de kerk opblies, ging het orgel van de Catharinakerk verloren. In 1955 werd in Zevenbergen een groot nieuw orgel in gebruik genomen, gebouwd door Flentrop onder advies van Jaap Hillen. Het orgel is rond het roosvenster gebouwd, dat in zich in de westwand van de kerk bevindt. De oorspronkelijke opzet was een tweeklaviers instrument met 20 stemmen en aangehangen pedaal. De organist van de kerk schonk een derde manuaal en de pedaalregisters. Flentrop plaatste het derde manuaal als zwelwerk in één van de pedaaltorens. Op 23 maart 1955 is het orgel in gebruik genomen. In 1992 werden de tongwerken vernieuwd.
Een uitgebreide renovatie werd door J.L. van den Heuvel Orgelbouw uitgevoerd in 2002 . Adviseur was de heer Jaap Hillen, organist van de Grote Kerk te Breda, die ook tijdens de bouw van het orgel betrokken was als adviseur.
Na demontage zijn de onderdelen schoongemaakt, nagezien en grondig hersteld waarna hermontage volgde. Kapotte en versleten onderdelen werden in stijl vervangen. De windvoorziening werd geheel nagezien en waar nodig hersteld. De orgelkas werd opnieuw geschilderd door derden.
Soldeernaden, kernen, labia, steminrichtingen, baarden en (doorgezakte)voeten van het pijpwerk werden geheel technisch hersteld. Roosters en rugstukken t.b.v. de pijpbevestigingen werden waar nodig gestabiliseerd. De tongwerken werden geheel gedemonteerd, in stijl hersteld en opnieuw ge-intoneerd.
In overleg met de opdrachtgevers en adviseur Hillen werd de intonatie geheel herzien: het vrij dunne, agressieve klankbeeld is na de uitgevoerde werkzaamheden veel meer grondtonig, zangrijker en poëtisch geworden.
Tevens vonden er enige registerveranderingen en aanpassingen plaats:
- Op het Zwelwerk werd de zeer dun klinkende Cimbel 3 sterk vervangen door een Zweving 8’ die geheel aansluit bij de Spitsgamba 8’.
- De samenstelling van de Hoofdwerkmixtuur is aangepast zodat deze niet meer zo dun en scherp klinkt: in de diskant kreeg dit register nu een klassieke samenstelling met toevoeging van 4’, 5 1/3’ en 8’.
- Daarnaast werd de samenstelling van de Scherp van het Rugpositief gewijzigd in een meer klassieke samenstelling met toevoeging van 2 2/3’ en 4’.
- De Schalmei 4’ van het Pedaal werd veranderd in een Trompet 8’.
- De dunwandige frontpijpen werden na restauratie verstevigd hetgeen na herintonatie in een meer grondtonige klank resulteerde.
